Обращаться к Счету можно точно так же как и в Дебете. Читайте
Шаг 127 - Изучаем операции - Дебет.Счет

Укажем откуда деньги будут уходить.

Процедура ОбработкаПроведения()
      Операция.НоваяПроводка();
      Операция.Дебет.Счет=СчетПоКоду("90.3.3");
      Операция.Кредит.Счет = СчетПоКоду("68.1");
КонецПроцедуры